Thank you very much Adrien.<br><br>always nice if someone can explain to you where your problems are and why. Thanks<br><br>Was there any other problems you saw that i have to be aware of?<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Oct 5, 2011 at 5:38 PM, Adrien Vogt-Schilb <span dir="ltr"><<a href="mailto:vogt@centre-cired.fr">vogt@centre-cired.fr</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#330000">
    Hi<br>
    <br>
    When you use ode, it's ok, if say, dx(1) depends on dx(4).<br>
    but you still have say that to scilab properly, something like:<br>
    <br>
    function dx = f(t,x)<br>
    <span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">dx(6)=((F+Fab+Floss)*<font color="#000000">(x(2</font>))), 
      // culture Volume V</span><br>
    <span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">dx(1)=(((mu)*(x(1)))-(((x(1))/(x(6)))*((<font color="#000000">dx(6)</font>)))*(CO)*(</span><span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)"><font color="#000000">x(2</font>))</span><span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">)), //biomass concentration X</span><br>

    and so one<br>
    <br>
    note that because i had to know dx(6) to compute dx(1) i just
    computed dx(6) before dx(1): no problem. and note that i used x(2).
    The idea of the ode is to compute dx from x!<br>
    <br>
    make sure you understand that using dx_6 instead of dx(6), your ODE
    solver is not updating dx_6 at each time step, it is using the
    initial and only dx_6 forever. That's why your last varaibles do not
    move, somehow their speeds are never updated.<br>
    for instance, <span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">dx(6)=((F+Fab+Floss)*(HION)),  //
      culture Volume V <font color="#000000">is constance in time (i
        guess)</font></span><div><div></div><div class="h5"><br>
    <br>
    <br>
    On 05/10/2011 15:00, Jaundre Venter wrote:
    <blockquote type="cite">Hi Adrien<br>
      <br>
      i am new to SCILAB! I just want to say that.<br>
      <br>
      Yes dx_1 is equal to dx1 but the only reason why i have programmed
      it like that is becasue the ODE's looks as follows - (see word
      file attached that can explain the ODE"s better. with regards to
      the HION and CO it actually refers to [H+] and CO2 as you said.
      the only reason why n multiplied HION and CO wit hsome ODE's is
      because some does have a influence on some ODE's.<br>
      <br>
      This is the first time i am working with SCILAB thus i am
      struggling to understand how SCILAB wants the code so that all 9
      ODE's are shown and so that the ODE's that is having a effect on
      other does happen. I though if you refer to dx(1) for example in a
      other ODE it means that SCILAb will know the dx(1) has a influence
      on the other ODE.<br>
      <br>
      The main goal of my assesment is to deliver similar results
      obtained from MATLAB on SCILAB. all i got was how the grpahs
      should look like and the ODE's.<br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Wed, Oct 5, 2011 at 2:43 PM, Adrien
        Vogt-Schilb <span dir="ltr"><<a href="mailto:vogt@centre-cired.fr" target="_blank">vogt@centre-cired.fr</a>></span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
          <div bgcolor="#FFFFFF" text="#330000"> Hi<br>
            <br>
            Try to isalote your problem<br>
            if i understood well, the following code
            <div><br>
              <br>
              <span style="color:rgb(51, 51, 255)">//  initial values </span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
              <span style="color:rgb(51, 51, 255)">x0=[0.1, 1e-5, 0, 15,
                1.16, 100,0,297,0.5]';</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
              <span style="color:rgb(51, 51, 255)">t=0:0.005:400;</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
              <span style="color:rgb(51, 51, 255)">y=ode(x0, 0, t, f);</span><span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 51, 255)"><br>
                <br>
              </span></div>
            returns y such that sum(y(6:9,:)>x0) == 0 ?<br>
            if this is true, we do not need the plots to solve the
            problem<br>
            can you check that ?<br>
            <br>
            I believe the f function is erroneous.<br>
            It seems that dx_1 should be equal to dx(1) at each time
            step, and that HION should be equal to x(2) at each time
            step, etc.<br>
            <br>
            in other terms, some of your phisical variables seem to be
            represented by to variables (i am guessing HION=[H+] and
            x(2)=[H+] also) but scilab does not have any chance to know
            that.<br>
            if my guess is right, you have to rewrite the f function in
            a way that eliminates all references to HION, dx_1, dx_6 and
            so on
            <div>
              <div><br>
                <br>
                On 05/10/2011 14:27, Jaundre Venter wrote:
                <blockquote type="cite">Hi all<br>
                  <br>
                  Can someone please explain to me the following:<br>
                  <br>
                  I am busy with a project of simulation the production
                  of penicillin in a bio reactor. Now i have 9 ODE's
                  which i want to simulate.<br>
                  <br>
                  now for some reason the last three graphs i am getting
                  doesn't show any response what so ever. i am using the
                  following code.<br>
                  <br>
                  <span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">dx(1)=(((mu)*(x(1)))-(((x(1))/(x(6)))*((dx_6)))*(CO)*(HION)),

                    //biomass concentration X</span><br style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">dx(2)=((z*(((mu)*(x(1)))-(((F)*(x(1)))/(x(6)))))+(QQ)),

                    //hydrogen ion concentration H+</span><br style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">dx(3)=((((mupp)*(x(1)))-((K)*(x(3)))-((x(3))/(x(6)))*(dx_6))*(HION)),

                    //Penicilin concentration P</span><br style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">dx(4)=((-((mu)/(Yxs))*(x(1)))-(((mupp)/(Yps))*(x(1)))-((mx)*(x(1)))+((Fsf)/(x(6)))-((x(4)/(x(6)))*(dx_6))),

                    //Substrate concentration S</span><br style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">dx(5)=(-(((mu)/(Yxo))*(x(1)))-(((mupp)/(Ypo))*(x(1)))-(((mo))*(x(1)))+((kla)*(cll-(x(5))))-(((x(5))/(x(6)))*(dx_6))),

                    //dissolved oxygen</span><br style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">dx(6)=((F+Fab+Floss)*(HION)), 
                    // culture Volume V</span><br style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">dx(7)=(((rq1)*(dx_1)*(x(6)))+(rq2)*(x(1))*(x(6))),

                    //Heat generation Qrxn</span><br style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">dx(8)=((((F)/(sf))*(Tf-(x(8))))+(1/((x(6))*(pcp)))*(QT)), 

                    //  Temperature T</span><br style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">dx(9)=(((a1)*(dx_1))+((a2)*(x(1)))+(a3)), 
                    //  CO2 evolution, CO2</span><br style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 102, 255)">endfunction</span><br style="background-color:rgb(255, 255, 255)">
                  <br>
                  now when i ask for plotting the graphs i am using the
                  following.:<br>
                  <br>
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">//  initial
                    values </span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">x0=[0.1, 1e-5, 0,
                    15, 1.16, 100,0,297,0.5]';</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">t=0:0.005:400;</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">y=ode(x0, 0, t,
                    f);</span><span style="background-color:rgb(255, 255, 255);color:rgb(51, 51, 255)"></span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">// the plots of
                    each variable</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.title.text="BIOMASS

                    CONCENTRATION"</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.x_label.text="Time,

                    hours";</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.y_label.text="X,g/l
                    ";</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">scf(1);clf;
                    //Opens and clears figure 1</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">plot(t,y(1,:))</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.title.text="HYDROGEN
                    ION H+ CONCENTRATION"</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.y_label.text="H+,mol/l

                    ";</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">scf(2);clf;
                    //Opens and clears figure 2</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">plot(t,y(2,:))</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.title.text="PENICILLIN

                    CONCENTRATION"</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.y_label.text="P,g/l
                    ";</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">scf(3);clf;
                    //Opens and clears figure 3</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">plot(t,y(3,:))</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.title.text="SUBSTRATE

                    CONCENTRATION"</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.y_label.text="S,g/l
                    ";</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">scf(4);clf;
                    //Opens and clears figure 4</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">plot(t,y(4,:))</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.title.text="DISSOLVED

                    OXYGEN CONCENTRATION"</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.y_label.text="C_l,g/l
                    ";</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">scf(5);clf;
                    //Opens and clears figure 5</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">plot(t,y(5,:))</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.title.text="CULTURE

                    VOLUME"</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.y_label.text="V,l";</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">scf(6);clf;
                    //Opens and clears figure 6</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">plot(t,y(6,:))</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.title.text="HEAT
                    OF REACTION"</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.y_label.text="Qrxn,cal";</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">scf(7);</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">clf; //Opens and
                    clears figure 7</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">plot(t,y(7),:)</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.title.text="TEMPERATURE"</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.y_label.text="T,Kelvin";</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">scf(8);</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">clf; //Opens and
                    clears figure 8</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">plot(t,y(8),:)</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.title.text="CO2

                    EVOLUTION"</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">da.y_label.text="CO2,mmol/l/";</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">scf(9);</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">clf; //Opens and
                    clears figure 9</span><br style="color:rgb(51, 51, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 51, 255)">plot(t,y(9),:)</span><br>
                  <br>
                  Am i doing something wrong? before the ODE's i have
                  just programmed the initial values and constants :<br>
                  <br>
                  f<span style="color:rgb(51, 102, 255)">uncprot(0);</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">function dx =
                    f(t,x)</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">K1=1.0e-10        
                    //mol/l</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">K2=7.0e-05        
                    //mol/l</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Kx=0.15           
                    // Contois saturation constant, g/l</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Kox=2e-02         
                    // oxygen limitation constant</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">mux=0.092         
                    // maitenance coefficient on subsrate</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">p=3               

                    //constant</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Kp=0.0002         
                    //   inhibition constant</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Kop=2e-02     
                    // oxygen limitation constant</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">K=0.04     // 
                    Penicillin hydrolysis constant, per h</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Yxs=0.45  //  
                    yield constant,g biomass/g glucose = dimensionless</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Yps=0.90  //  
                    yield constant, g pinicillin/ g glucose =
                    dimensionless</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">mx= 0.014  //  
                    Maintenance coefficient on substrate, per h </span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Yxo=0.04  //  
                    yield constant, g biomass/g oxygen = dimensionless</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Ypo=0.20  //  
                    yield constant, g penicillin/g oxygen= dimensionless</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">mo= 0.467  //  
                    maintenance coefficient of oxygen, per h</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">mup=0.0005  //
                    specific rate of penicilline production (per h)</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">sf=600 // Feed
                    substrate concentration, g/l</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">kla=23     //
                    function of agitation power input and oxugen flow
                    rate, dimensional</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">cll=1.16   // 
                    dissolved oxygen concentration, g/l</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Cab=3      //
                    concentrations in both solutions</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Fa=5     // acid
                    flow rate, l/h  !! </span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Fb=5      //
                    base flow rate, l/h !! </span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">delta_t=0.01  
                    //  time step in digital PID controller - arbitrary
                    value!!!</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">z=10e-5     //
                    constant</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">F=0.042      
                    //  feed substrate flow rate l/h </span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">T0=273        
                    //  temperature at freezing, K</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Tv=373       // 
                    temperature at boiling</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">T=298  //  feed
                    temp of substrate</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">h=(2.5e-4)    
                    //  constant</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Floss=(x(6)*(h)*(exp(5)*((T-T0)/(Tv-T0))))</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Fab=Fa+Fb  //
                    volume increase due to influx of acid Fa and base Fb</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Fsf=((sf)*(F))</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">kg= 7e-3 // 
                    Arrhenius constant for growth</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">kd=10e33  // 
                    Arrhenius constant for cell death</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Eg= 5100  // 
                    Activation energy for growth, cal/mol</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Ed= 50000  // 
                    Activation energy for cell death, cal/mol</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">R= 1.987  // 
                    gas constant, cal/mol k</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">T= 297  // 
                    Temperature</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">RT= R*T</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">alpa= 70  // 
                    constant in Kla</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">betha= 0.4  // 
                    constant in Kla</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Pw= 30  // 
                    Agitation power input, W</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">fg= 8.6  // 
                    Flow rate of oxygen</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">V=100  // 
                    Volume</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">QE=
                    ((kg*exp(-(Eg/RT)))-(kd*exp(-(Ed/RT))))</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">kla=
                    alpa*((sqrt(fg)*(Pw/x(6)))^betha)</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">mu
                    =(((mux)/(1+((K1)/(x(2)))+((x(2))/(K2))))*((x(3))/(((Kx)*(x(1)))+(x(3))))*((x(5))/(((Kox)*(x(1)))+(x(5))))*(QE)) 

                    //  Specific growth rate</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">mupp =
                    ((mup)*((x(4))/((Kp)+(x(4))+(x(4)^2)/(K1)))*((x(5)^p)/((Kop)*(x(1)))+(x(5)^p))) 

                    // Specific penicillin production rate</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">B
                    =(((1e-14/x(2)-x(2))*x(6)-Cab*(Fa+Fb)*delta_t)/(x(6)+(Fa+Fb)*delta_t))</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">QQ
                    =((-B+sqrt(B^2+4e-14))/2-(x(2)))*(1/delta_t)</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">dx_6 =
                    (F+Fab+Floss) //Culture Volume V</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">dx_1 =
                    (((mu)*(x(1)))-((x(1))/(x(6)))*(dx_6)) //biomass
                    concentration X</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">rq1 = 60  // 
                    yield of heat generation, cal/g biomass</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">rq2 = 1.6783e-4 
                    //  Constant, cal/g biomass h</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Tf = 296  // 
                    substrate feed temperature, Kelvin</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">a = 1000   // 
                    heat transfer coefficient of cooling/heating liquid,
                    cal/h degree C</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">b = 0.60   // 
                    constant</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">Fc=0.1   // 
                    Cooling water flow rate, not sure about value, l/h</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">pcCpc = 1/2000  
                    //  Density times heat capacity of cooling liquid,
                    per l degree C</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">pcp = 1/1500  
                    //  density times heat capacity of medium</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">QT =
                    ((x(7)-(((a)*(Fc^b+1))/((Fc)+((a)*(Fc^b))/2*pcCpc))))</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">a1=0.143  // 
                    constant relating CO2 to growth, mmol CO2/g biomass</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">a2=4e-7  // 
                    Constant relating CO2 to mainteneance energy, mmol
                    CO2/g biomass h</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">a3=1e-4 // 
                    Constant relating CO2 to penicillin production, mmol
                    CO2/l h</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">CO=
                    (((a1)*(dx_1))+((a2)*(x(1)))+(a3)),  //  CO2
                    evolution, CO2</span><br style="color:rgb(51, 102, 255)">
                  <span style="color:rgb(51, 102, 255)">HION=((z*(((mu)*(x(1)))-(((F)*(x(1)))/(x(6)))))+(QQ))</span><br>
                  <br>
                  Thanks.<br>
                </blockquote>
                <br>
                <br>
              </div>
            </div>
            <font color="#888888">
              <div>-- <br>
                Adrien Vogt-Schilb (Cired) <br>
                Tel: (+33) 1 43 94 <b>73 77</b></div>
            </font></div>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    <div>-- <br>
      Adrien Vogt-Schilb (Cired) <br>
      Tel: (+33) 1 43 94 <b>73 77</b></div>
  </div></div></div>

</blockquote></div><br>